Pouco ou quase nada se conhece da hidrologia do Parque, tendo em vista a ausência de estudos nesta área; recomendacões para estudos periódicos da vazão e qualidade das águas da bacia superior do rio São Francisco e de seu curso d'água dentro dos limites do Parque serão feitas no Capítulo III. Futuramente deverão ser estudados também os demais córregos e nascentes existentes na área. Atualmente as águas do Parque não apresentam evidências de poluição.

O abastecimento d'água a cidade de São Roque de Minas, provem do rio do Peixe que tem suas nascentes dentro dos limites do Parque Nacional da Serra da Canastra.